La devoción a la Virgen el Cisne remonta al año 1594, momento en el que se establece el primer Santuario, siendo este una choza con techo de paja. El mismo fue sustituido por dos construcciones y más adelante, en el año 1935 comenzó la construcción del Santuario actual. A partir de esto, se establecieron estatutos para el mejor funcionamiento del mismo. En su Art. 2° se indica que el Santuario tiene como propósito despertar en los peregrinos un profundo sentido de pertenencia a la Iglesia, promover la devoción Mariana, hacer del Santuario un centro de conversión y promoción de los valores e identidad cultural del lojano, entre otras cosas. Dentro de dichos estatutos se señala que la administración del Santuario, que sería confiada a la Congregación de Misioneros Oblatos en conformidad del contrato firmado en el año 1944. Además, se indica que la Acción Pastoral tendría la especial misión de responder a las necesidades humanas y espirituales de los peregrinos, dando a estos una acogida calurosa y cristiana sin distinción de personas, proporcionando auxilios materiales que permitan al peregrino una estadía agradable.